歯周病
歯周病菌や歯肉の炎症が病巣となります。病巣除去のためには原因細菌をきちんと調べて、徹底的に除菌する歯周病治療が重要です。
失活歯や根尖病変
虫歯や歯周病の悪化によって神経にまで達した場合、根管治療によって神経を除去する必要があります。このようにして神経を取った歯を失活歯（しっかつし）と呼びますが、根管治療されずに放置されていたり、根管治療がうまくいっていない場合などには、それに伴う病変(根尖病変)も病巣となります。
破折歯
歯が割れていると、その部位から細菌感染を起こして病巣となってしまうので、速やかに取り除く必要があります。レントゲン写真にも写らず、破折が分からない場合もあるので、治療には注意が必要です。
